本經是佛為文殊、普賢等十二位菩薩宣說如來圓覺的妙理和觀行方法。敘述佛入於神通大光明藏三昧，諸佛眾生清淨寂滅平等圓滿不二所現淨土，有文殊師利等十二大菩薩為上首的十萬大菩薩眾，皆入此三昧，住於如來平等法會。因文殊師利等十二大菩薩次第請問，而依次宣說圓覺的義理和觀行，即分十二章，每章先以長行問答說法，後以偈頌重宣其義。
大陀羅尼──圓覺法門，流出一切清淨真如、菩提、涅盤及波羅蜜。顯示佛菩薩的因行果相都不外乎修證本有的圓覺道理。說示修行方便，遠離一切幻妄境界，知幻即離，離幻即覺。修習圓覺，應當正念遠離諸幻，先依奢摩他行，堅持淨戒，宴坐靜觀身心幻垢、人法二空，乃至幻滅垢盡，一切清淨，覺性平等不動。圓覺本性平等不壞，眾生有思惟心不能測度如來境界，故應先斷無始輪迴根本。愛慾為輪迴根本，一切眾生由本貪慾，發揮無明，顯出五性差別，依事理二障而現深淺。應發大願，求善知識，漸斷諸障，證大圓覺。圓覺自性本無取證，但於除滅一切幻化修證位中，有凡夫隨順覺性、菩薩未入地者隨順覺性、菩薩已入地者隨順覺性、如來隨順覺性諸位差別。修行的方便，依著眾生的根性而有三種差別：奢摩他，三摩缽提，禪那。此三法門若得圓證，即成圓覺。單修奢摩他或三摩缽提或禪那一法，乃至或先或後齊修二法乃至三法等二十五種清淨定輪的修行方法。覺性本淨，但由眾生從無始以來，妄執有我、人、眾生、壽命，認四顛倒為實我體，妄生嗔愛，生妄業道，不能入於清淨覺海。欲求圓覺，應除作、任、止、滅四種病相，以及去除諸病，求證圓覺之道。修行大圓覺者，長期、中期、下期三種安居的方法，以及修習奢摩他、三摩缽提、禪那三觀等方便。
