一、簡修法
本尊簡修法是「生起次第」的法要，雖是簡修法，但從四皈依到四無量心， 智敏、慧華上師教導都要由自性、體性、法界觀修。 上師開示修此法的先決條件：1.信心，有多少信心就有多少加持；2.發心，祈願眾生皆能離苦得樂，皆能成佛；3.力行，隨時不離咒、不離觀修。
修持本尊法可消除業障、自成本尊和永不退轉， 上師更開示修持的四個要點，以及身、口、意三密與法、報、化三身相應的方法。同時在本尊簡修法中， 上師開示極其殊勝的「三重薩埵」相應的修法。 上師並開示：「真正的本尊為何，這是修持本尊法，一定要明白的。」
二、專修法
智敏、慧華上師在本尊專修法「生起次第」的觀修中，開示本尊五佛五智光明「報身」的修法，開發吾人本具之五佛智慧。同時開示如何以本尊身起用，廣度法界眾生，以及本尊「法身」的修法，與「明空三摩地」的安住契入之道，並且於臨終如何安住禪定，證入「實報莊嚴土」十地菩薩境界的重要口訣。
上師強調 華藏祖師所傳的修持方法，融合了禪宗、淨土宗和天台宗等大乘佛法精髓。在修持中，對外不住相，了知一切相是幻，這就是如幻三摩地。對內不住心念，離開過去心、現在心、未來心，三心不可得。乃至外不住相，內不住念，達到雙離空有二邊。
專修法是承仗傳承的加持力，自己精進修持功德力，以及度盡法界眾生的菩提大願，每一段、每一次第都要如實觀想，方可成就，證佛法報化三身。
三、心要外修法
智敏、慧華上師在傳本尊心要法前開示心的重要性：「心不動，猶如虛空；心的普照，猶如日月；心的威力，猶如核子能。心本來無相，卻能現一切相，它能在一個毛孔中，現寶王剎，也能在一微塵中，大轉法輪，心是最微妙、最不可思議的。諸位請心要，當知為何而請，請了又作什麼用？這當然是為了明心見性之後，願令法界一切眾生，猶如自己一樣，自在無礙，證佛種智。諸位就須發這樣大的菩提心，再來修心法，才能得傳承加持，才能得護法擁護。」
上師開示心的體、相、用三大，眾生是如何由無始不達法界一相，而輪迴為眾生；又要如何才能返染還淨，恢復本來不生不滅的真心，超出空有，契悟如如。
在心要外修中， 上師開示本尊虹身的觀修要點，尤其是其中最為關鍵的微細之處， 上師也反覆不斷地指示，倘若未恭看 上師的專修開示影音，不明白 上師重要的口訣，很難覺察這些修持深密的要點，而未能掌握心要法外修的核心。
四、心要內證法
在本尊心要法內證中， 上師開示「圓滿次第」、「大圓滿次第」的修法，由性相圓融的開示中，教導了破見惑、思惑，以及直破無明的方法。破見惑可證初地，相當於禪宗破初關；破思惑證三~六地，相當於禪宗破重關；直破無明則可證到七~八地，相當於禪宗破牢關。接下來是「大圓滿次第」，如何匯歸法界光明，而契如如，進一步 上師又開示了由體起大用之道，修到「大圓滿次第」，已是直趨無上正等正覺的無上心法。
從「皈依法」到「本尊心要法」是本宗修持的主軸，雖然心法是要弟子依次第修持，才得以受法。但由於 上師的慈悲，不願根器已到的弟子，受次第所限，所以早期皈依的弟子都會發現，民國八十年之後，許多早期傳到心法，才能得聞的甚深開示， 上師已在薈供、誦戒法會中，乃至皈依、金剛心、本尊簡修、本尊專修中，都開示了心法，尤其在傳完〈皈依儀軌〉， 上師都鼓勵我們如實觀想亦能成就。
弟子若根器已到，只要用心聆聽 上師每次法會的開示，就會發現 上師可說是處處直指；心法口訣早已傳給所有弟子，若能深信、切願、實修、力行，則人人即身成就有份。