密宗行人，無論出家在家，均以發大菩提心為主。〈發菩提心及願行〉即是修此世俗與勝義菩提心不二的法門。智敏、慧華恩師開示：「凡是虔誠堅固菩提心，永不退轉的人，他就是菩薩。而這一位堅固菩提心，永不退轉的菩薩，祂的智慧光明能進入眾生煩惱的心識，能洗滌清淨眾生從無始以來的無明及無始以來的罪障、黑暗。因此，我們用微塵剎土的珍寶來供養佛的功德，遠不及一位堅固發菩提心菩薩的功德。」
學佛首先要明白，佛與眾生，就本覺上而言，是不二的、無異的。所以會有果證上的差異，在於學佛發心的大小不同，因此受教有深淺的差異，證果就會顯示高下的不同。
諾那祖師於開示中舉出小聲聞發心、大聲聞發心、小菩薩發心、大菩薩發心四種發心。譬如發自度心，未計其他，此小聲聞發心；我先成佛後來度生，此大聲聞發心；我法教如舟，我及眾生，同舟共濟，此小菩薩發心；我誓拔濟無餘界，一切有情諸苦難，三世所作諸福利，皆施予諸眾生，令彼速疾成佛，彼所作罪障，應墮三途者，我皆代受無餘，如是發心，乃為上乘，可謂之大菩薩發心。
我們可就此自問發心符合 諾那祖師開示的何種發心？如果僅是小聲聞發心，卻希望即身成佛，則未免乖謬。有很多人發心自己成佛再來度眾生，但 諾那祖師開示這樣的發心證得的是阿羅漢果位，發心度盡眾生才成佛則證得菩薩果位。
值得深思的是「如發心自己是佛，一切眾生均是佛，平等平等，無人我之相者，其證得之果為佛果。」這樣的發心，亦即是基於「眾生與佛，原本不二」來談發菩提心，但是更進一步闡明發菩提心勝義乃是明悟自心本來是佛，視一切眾生無不是佛，安住平等法性，如《金剛經》佛陀開示：「須菩提！是法平等，無有高下，是名阿耨多羅三藐三菩提。以無我、無人、無眾生、無壽者，修一切善法，即得阿耨多羅三藐三菩提。」 諾那祖師這段對發菩提心究竟了義的開示，與《金剛經》佛陀的開示意旨相同。
密宗行者之大菩提心，是「普願十方眾生一切業障苦惱等，均歸我代受，我之一切功德，均普施十方眾生，眾生都去成佛，我願入地獄為眾生受苦」，這是從世俗菩提心的發心來說；「視成佛與入地獄，為平等平等，心佛眾生，三無差別，一切為眾生，不為自身」，這是從勝義菩提心體性上而言。「觀世音菩薩、地藏王菩薩之誓願如此，若如此發心，便是大菩提心，便與觀音誓願相合，我即是觀音，即是彌陀，即是十方諸佛」，這是密宗行者，無論以阿彌陀佛、觀世音菩薩、地藏王菩薩為本尊，發心與本尊的大菩提心、誓願相同，為與本尊不二的心要。